Chapitre 25 - Le scarabée sous contrôle
Dans lequel se produit une évasion massive d'Azkaban, un employé du ministère meurt dans de mystérieuses circonstances et Ombrage interdit aux enseignants de donner aux élèves des informations qui ne concernent pas leur matière. Harry et Cho ont rendez-vous à Pré-au-Lard et Hermione et Luna arrangent une rencontre entre Harry et Rita Skeeter, pour qu'il lui raconte son histoire et qu'elle soit publiée dans le magazine du père de Luna, Le Chicaneur.
Chapitre 26 - Vu et imprévu
Dans lequel Hermione donne à Harry des conseils sur sa vie sentimentale, Gryffondor continue à perdre au Quidditch, et l'article sur Harry est publié dans Le Chicaneur - qui est rapidement banni de Poudlard par Ombrage. Harry a un autre rêve dérangeant lié à Voldemort, continue ses cours d'Occlumancie avec Rogue, Trelawney est renvoyée, et Firenze le centaure est engagé pour enseigner la divination à la place de cette dernière.
Chapitre 27 - Le centaure et le cafard
Dans lequel Harry et ses camarades de classe ont leur première leçon de divination avec Firenze, Marietta Edgecombe dénonce à Ombrage les réunions de l'A.D. mais subit les effet du maléfice d'Hermione, Dobby prévient Harry que l'A.D. a été découverte, et Harry nie les réunions devant Fudge et Ombrage. Kingsley Shacklebolt modifie la mémoire de Marietta, Dumbledore endosse la responshabilité et quitte Poudlard.
Chapitre 28 - Le pire souvenir de Rogue
Dans lequel Ombrage remplace Dumbledore à la tête de l'école, les élèves (à l'aide des inventions de Fred et George) se rebellent, le personnel les laisse faire, et Ombrage essaye de faire dire à Harry où se cache Dumbledore. Harry se dispute avec Cho à propos de son amie Marietta, continue ses cours d'Occlumancie avec Rogue, et en fouillant dans les souvenirs de ce dernier, découvre que son père était peut-être aussi arrogant que le prétend Rogue.
Chapitre 29 - Conseils d'orientation
Dans lequel Harry parle à Ginny de son désir de discuter avec Sirius, bénéficie de conseils d'orientation de la part du professeur McGonagall, s'introduit dans le bureau d'Ombrage pour utiliser sa cheminée pour parler de son père à Sirius, et Fred et George quittent Poudlard.
Chapitre 30 - Graup
Dans lequel Harry refait encore une fois le même rêve, les Gryffondor affrontent Serdaigle durant la finale de Quidditch, et Hagrid présente Harry et Hermione à son demi-frère, Graup, leur faisant promettre de veiller sur Graup s'il devait partir. Gryffondor gagne le match et la Coupe de Quidditch, et Ron est porté en triomphe en dehors du terrain.
Chapitre 31 - B.U.S.E.
Dans lequel Harry et Hermione mettent Ron au courant à propos de Graup, les cinquième année passent leur B.U.S.E., Hagrid est renvoyé, McGonagall est stupéfixée, et Harry rêve que Sirius est torturé.
Chapitre 32 - Hors du feu
Dans lequel Ron, Hermione, Neville et Luna aident Harry à s'introduire dans le bureau d'Ombrage, Kreattur parvient à faire croire à Harry que Sirius est retenu prisonnier au Département des mystères, et Hermione piège Ombrage pour qu'elle les emmène, elle et Harry, dans la Forêt interdite.
Chapitre 33 - Lutte et fugue
Dans lequel Hermione et Harry conduisent Ombrage dans la Forêt interdite, Ombrage insulte les centaures et ceux-ci l'emmènent, Graup sauve Harry et Hermione de la colère des centaures, et Ron les rejoint avec Neville, Ginny et Luna, qui insistent pour les aider dans leur combat. Luna suggère d'utiliser les Sombrals pour aller jusqu'à Londres.
Chapitre 34 - Le Département des mystères
Dans lequel Harry, Ron, Hermione, Neville, Ginny et Luna volent jusqu'à Londres à dos de Sombral, se rendent dans les bâtiments du ministère de la Magie par la cabine téléphonique et entrent dans le Département des mystères. Ils trouvent une salle contenant de petites sphères de verre, dont l'une est étiquetée au nom de Harry et qui se révèle plus tard être une prophétie.
Chapitre 35 - Au-delà du voile
Dans lequel Lucius Malefoy, Bellatrix Lestrange et d'autres Mangemorts arrivent et tentent de prendre la prophétie à Harry. Les membres de l'A.D. combattent les Mangemorts et sont séparés. Hermione est blessée, le nez de Neville est cassé, et quand ils se retrouvent, la cheville de Ginny est brisée et Ron est gravement blessé. Plus tard, c'est Luna qui est touchée. Remus, Sirius, Dumbledore et d'autres membres de l'Ordre du Phénix arrivent pour repousser les Mangemorts. Sirius affronte Bellatrix et perd la vie en passant à travers le voile.
Chapitre 36 - Le seul qu'il ait jamais craint
Dans lequel Harry poursuit Bellatrix et apprend qu'il est incapable de jeter un Sortilège Impardonnable, Voldemort apparaît, Dumbledore sauve Harry d'un sortilège de mort, Fudge et d'autres gens du ministère contemplent le retour de Voldemort, et Dumbledore se renomme lui-même directeur.
Chapitre 37 - La prophétie perdue
Dans lequel Harry fait éclater sa colère et sa douleur de savoir Sirius mort, et Dumbledore lui explique tout : pourquoi il doit retourner chez les Dursley chaque année, qu'est-ce que la prophétie, comment Voldemort l'a marqué comme son égal, comment Neville aurait pu facilement se retrouver à sa place, et le fait que Harry ou Voldemort doive mourir. Dumbledore admet également avoir laissé ses sentiments altérer son jugement en ce qui concerne Harry.
Chapitre 38 - La deuxième guerre commence
Dans lequel Ron et Hermione se remettent de leurs blessures, Fudge admet publiquement le retour de Voldemort, McGonagall revient de Ste Mangouste, et Harry interroge Nick Quasi-Sans-Tête sur les fantômes. Harry retourne chez lui avec Ron, Hermione, Neville et Luna par le train. Maugrey, Lupin et Tonks le retrouvent à la gare et mettent en garde les Dursley, leur ordonnant d'être aimables avec lui pendant l'été.